Akupunktura czaszki to jeden z mikrosystemów akupunktury. W zależności od jej rodzaju, stanowi albo system odwzorowania ciała osoby dorosłej – jak jest w przypadku akupunktury czaszki Fang Yun Peng, czy akupunktury czaszki Tang Song Nian. Może to być również system bazujący na punktach znajdujących się na od ośmiu do czternastu linii czaszki położonych w wyznaczonych doświadczalnie i w oparciu o doświadczenia kliniczne strefy czaszki, jak dzieje się to w przypadku akupunktury czaszki Zhu Ming Qing, Jiao Shun Fa, Lin Xue Lian.
Akupunktura czaszki jest szczególnie przydatna w leczeniu chorób neurologicznych, a także chorób i zaburzeń narządów wewnętrznych. Wykazuje również pewną skuteczność w leczeniu zaburzeń psychologiczno-emocjonalnych, stymuluje móżdżek regulujący ruch, postawę i poczucie równowagi.